A l’été 2013, une expertise indépendante concluait à la faisabilité d’une gare souterraine à Genève pour un montant évalué alors à 1,2 milliard de francs. Dans le cadre des études préliminaires qui ont suivi, plusieurs variantes visant à optimiser le projet ont été examinées. Il en ressort qu’une solution devisée à 1,652 milliard, avec une marge de +/- 30%, permet de réaliser l’offre prévue pour 2025 avec une réserve permettant une extension ultérieure. Le rapport final des experts sera rendu à la fin juillet, tandis que le détail de la variante finale, de son financement et de son calendrier sera connu cet automne (communiqué de presse de l’Office fédéral des transports du 27 juin 2015).

La boucle de Rodolphe Weibel. L’ingénieur Rodolphe Weibel propose de son côté une variante radicalement différente, d’un montant de 531 millions. En prolongeant la double voie CFF de Genève-Aéroport jusqu’à Genthod-Bellevue, sur la ligne historique Genève–Lausanne, il instaure une exploitation ferroviaire en boucle à sens unique (Genthod–Cornavin–Aéroport–Genthod) diminuant de moitié le trafic en gare de Genève-Cornavin et rendant superflue l’extension de celle-ci.

Le projet de transformation de la gare de Lausanne est désormais prêt pour la mise à l’enquête, effective dès le 14 avril 2015. Son but? Augmenter les capacités, assurer la sécurité et la mobilité des utilisateurs, et créer des interfaces performantes avec les transports publics pour répondre au doublement de la fréquentation des trains attendu pour 2030. Le début des travaux est prévu pour 2017; l’entier du trafic ferroviaire sera maintenu durant les travaux. Le montant de ceux-ci, qui seront achevés en 2025, s’élève à 1,2 milliard de francs au total.
Les quais seront élargis et allongés afin d’accueillir des trains de 400 mètres de long. Les passages inférieurs seront complètement reconstruits: de deux actuellement, ils passeront à trois et seront considérablement élargis pour permettre une meilleure répartition des flux de voyageurs. Les interfaces avec la place de la Gare et avec la rue du Simplon seront également améliorées. La  marquise de la gare sera légèrement déplacée, mais préservée.
La modernisation de la gare de Lausanne sera réalisée de façon à permettre la construction d’un nouveau tracé du métro m2, dont les travaux de génie civil sous la gare font partie de la mise à l’enquête. Le projet permet la réalisation d’une vaste station, plus proche des quais ferroviaires. Cette nouvelle halte, totalement intégrée à la partie souterraine de la gare, permettra ainsi aux voyageurs de passer rapidement et confortablement des trains aux métros. Plus de détails dans le communiqué de presse du 19 mars 2015, dans Le Temps et 24 heures du 20 mars 2015.

L’expertise indépendante sur l’extension de la gare de Genève Cornavin a rendu ses conclusions: une gare souterraine y est réalisable d’ici 2025. Elle permet de développer dès sa mise en service des fonctionnalités plus performantes que la variante en surface. Son coût est estimé à environ 1,2 milliard de francs, soit 400 millions de plus que la somme prévue jusqu’ici par la Confédération pour le projet. Les parties signataires de la convention ayant commandé l’expertise indépendante, à savoir le canton de Genève, la Ville de Genève, l’Office fédéral des transports et les Chemins de fer fédéraux (CFF), d’un commun accord, déclarent valider le projet d’une gare souterraine; les partenaires décident de poursuivre en parallèle les études des deux variantes jusqu’au moment de la décision sur le financement. Ils conviennent d’accompagner ces études en vue de rendre un avant-projet pour l’été 2015 (communiqué de presse du 5 juillet 2013).